Создать новый файл из значений исходного, по правилу: третья часть содержимого исходного файла должна стать первой частью нового файла, а две первых исходного должны расположиться после первой в новом файле.

Script
var txtFile = new File(File(app.activeScript).path + "/test.txt");
txtFile.open("r");
var allText = txtFile.read();
txtFile.close();

var lines = allText.split("\n");
var firstPart = lines.slice(0,3);
var secondPart = lines.slice(3,6);
var thirdPart = lines.slice(6);

var result = thirdPart.concat(firstPart.concat(secondPart));

var newTxtFile = new File(File(app.activeScript).path + "/result.txt");
newTxtFile.open("w");
for (var i = 0; i < result.length; i++) {
    newTxtFile.write(result[i] + '\n');
}
newTxtFile.close();